Zwyrodnienie dysku lędźwiowego jest związane z wariantem węglowodanowej sulfotransferazy 3 cd

Obserwowane tutaj istotne dla całego genomu powiązanie było wspierane przez nasze rodzinne badanie sprzężeń, w którym wykryto CHST3 w obrębie najsilniejszego szczytowego genomu powiązania. Kandydat przyczynowy wariantów w 3. region nieulegający translacji (3 (UTR) CHST3 zidentyfikowany w badaniu dokładnego mapowania. Aby wyszukać warianty przyczynowe kandydatów w ramach CHST3, przeprowadziliśmy 3-etapowe badanie precyzyjnego mapowania (rysunek 1B). W etapie przeanalizowaliśmy wszystkie 69 SNP zidentyfikowane przez japoński zasób fazy II HapMap przez CHST3 i odpowiedni blok LD (suplementowa figura 3A) przy użyciu naszej kohorty SC-1 (n = 1,379, tabela dodatkowa 2 i pozycja 20). Podobnie do japońskich danych HapMap, mapa LD CHST3 z tego gęstego zestawu SNP w kohorcie SC-1 wykazała duży blok LD (dodatkowa figura 3B). Testy powiązania u 1337 osobników SC-1 przy użyciu regresji liniowej przy 69 SNP zidentyfikowały 14 SNP z P <0,05 (Tabela dodatkowa 2). Zostały one przeniesione do etapu 2 w celu genotypowania w połączonej kohorcie południowo chińskiej (SC-1 + SC-2; n = 2,999). Po analizie kontroli jakości danych przetestowano 13 SNP pod kątem asocjacji (Tabela dodatkowa 3), która ujawniła skupisko 8 SNP na 3. region genu z podwyższonymi sygnałami asocjacyjnymi; były one zawarte w bloku LD (rs6480592 do rs1245582) (rysunek 1C) z korelacją parami (r2> 0,49). Spośród tych SNP 5 znajdowało się w zakresie 3 (3TR CHST3, podczas gdy inne były intronowe lub poniżej genu, co sugeruje, że wariant przyczynowy może występować w 3PUTR. Postawiliśmy hipotezę dotyczącą zaangażowania miejsc wiążących miRNA i przeprowadziliśmy analizę przy użyciu bazy danych PolymiRTS (30). Stwierdziliśmy, że rs4148941 i rs4148949 znajdowały się w przewidywanych miejscach wiążących miRNA dla miR-513a-5p (znanego również jako miR-513) i miR-626, odpowiednio. Z tymi SNP jako najlepszymi kandydatowymi wariantami przyczynowymi, przeprowadziliśmy badania replikacji przy użyciu kohort z Japonii i Finlandii (J1 ., J2. I F3, Tabela 1). Następnie przeprowadzono ostateczną metaanalizę z udziałem jedynie osób z ciężkim wpływem (górny XX percentyl) z kohorty SC-1S + SC-2S jako bardziej odpowiedniej podgrupy, przy czym zarówno rs4148941 jak i rs4148949 osiągnęły znaczenie całego genomu przy użyciu modelu allelicznego ( Tabela 3 i Figura 1C). Analiza przy użyciu modelu dominującego dała podobne wartości P, chociaż nie miało znaczenia dla całego genomu, z progiem skorygowanym Bonferroni ustalonym na 1,07 x 10 7 dla łącznie 467,709 SNP analizowanych w trakcie badania. Tabela 3 Analiza meta 2 najbardziej znaczących SNPs CHST3 Produkty alleliczne CHST3 są wyrażane różnicowo w tkankach IVD. Zbadaliśmy ekspresję CHST3 w różnych ludzkich tkankach za pomocą ilościowego RT-PCR i wykryliśmy wysoką, specyficzną ekspresję CHST3 w tkankach IVD, kości i chrząstce (Suplemental Figura 4). Porównanie ekspresji CHST3 w prawidłowych i degeneracyjnych tkankach IVD wykazało podobną ekspresję w NP, annulus fibrosus i końcowych płytkach chrząstki (Figura 2A). Figura 2 ekspresjaCHST3 w ludzkich IVD i wpływ miRNA na warianty alleliczne. (A (C) Porównanie ekspresji CHST3 za pomocą ilościowego RT-PCR, (A) pomiędzy próbkami kontrolnymi i zdegenerowanymi oraz między próbkami zróżnicowanymi według genotypów (B) CC / CT i TT dla rs4148949 i (C) AA / AC i CC dla rs4148941. (D) Porównanie COL2A1 dla próbek zróżnicowanych według genotypów AA / AC i CC dla rs4148941. Poziomy (A (D) wyrażono jako wartości Ct powyżej GAPDH (endogenny gen uporządkowania dla mRNA). Dane są przedstawione w postaci wykresów punktowych; czerwone paski oznaczają wartości średnie. (E) Przewidywane dopasowanie zmian allelicznych w rs4148941 i rs4148949 jako miejsc rozpoznawania dla wiązania odpowiednio miR-513a-5p i miR-626. Oba SNP (zacienione) wystąpiły w sekwencji nasion o długości 7 bp komplementarności (podkreślone) w pozycji 5. koniec miRNA. (F i G) Testy reporterowe lucyferazy przeprowadzono z użyciem komórek C28I2 w celu określenia wpływu allelu A / C w rs4148941 i allelu C / T w rs4148949 pod nieobecność (F) i obecności (G) miR-513a-5p i miR-626, odpowiednio. (H) Względna alleliczna różnica ekspresji mRNA CHST3, określona przez pirosekwencjonowanie ludzkich tkanek IVD z heterozygotycznym genotypem przy rs4148941. Dane są średnie. SD. AF, annulus fibrosus; EP, płytka końcowa chrząstki. Następnie genotypowaliśmy próbki tkanek, a poziomy mRNA CHST3 testowano wobec rs4148941 i rs4148949 zarówno w modelach addytywnych, jak i dominujących. Ekspresja różniczkowa była istotna w modelu dominującym, ale nie w modelu addytywnym. Osoby z genotypem ryzyka dla rs4148941 (AA / AC) i rs4148949 (CC / CT) miały znacząco niższe poziomy mRNA CHST3 niż osoby z genotypami CC i TT, odpowiednio (Figura 2, B i C), co sugeruje ryzyko allele wpływają bezpośrednio na poziomy mRNA CHST3
[podobne: identyfikator uczestnika zjazdu, jogurt naturalny przepis, brak szczęścia w miłości ]
[więcej w: ptd, polskie towarzystwo diabetologiczne, identyfikator uczestnika zjazdu ]