5 RNA-Seq identyfikuje Fhl1 jako modyfikator genetyczny w kardiomiopatii czesc 4

Jednakże zaobserwowaliśmy wyraźny wzrost manifestacji HCM zarówno u myszy męskich, jak i żeńskich myszy pozbawionych MHC403 / + / Fhl1. Zarówno samce MHC403 / + / Fhl1lacZ, jak i samice myszy MHC403 / + / Fhl1lacZ / lacZ miały znacznie grubsze ściany LV niż myszy MHC403 / + (odpowiednio P = 0,039 i P = 0,017; Tabela 1). Co więcej, analizy RNA-Seq myszy pozbawionych MHC403 / + / Fhl1 wykazały większą transkrypcyjną aktywację genów kodujących cząsteczki sygnaturowe przerostu i zwłóknienia (Tabela dodatkowa 3). Ekspresja Nppa (4,1-krotnie) i Nppb (1,7-krotnie); profibrotyczne geny Postn, Ctgf, Tgfb2 i Tgfb3; i kilka kolagenów było znacznie bardziej podwyższonych w MHC403 / + / Fhl1-null versus MHC403 / + LV. Tabela Eokardiograficzna ocena przerostu serca u myszy WT, Fhl1-null i MHC403 / + Dane 5. RNA-Seq potwierdziły, że myszy z WT / Fhl1-null i MHC403 / + / Fhl1-null utrzymywały wzory regulacji transkrypcji Fhl1 zlokalizowane 5 . do wstawki lacZ, które zostały zdefiniowane u myszy WT i MHC403 / + (Suplementowa Figura 9), co wskazuje, że indukcja transkrypcji iFhl1 w sercach HCM nie wymaga ekspresji Fhl1. Aktywność a-gala promowana przez iFhl1 (patrz Metody) była nieobecna w skrawkach LV myszy zerowych WT / Fhl1, ale obecna w miocytach sąsiadujących z regionami zwłóknieniowymi u młodych, przedhipertroficznych myszy pozbawionych MHC403 / + / Fhl1 (Figura 3A). Zgodnie ze zwiększoną transkrypcją izoformy iFhl1, aktywność a-galu była silna w miocytach z myszy pozbawionych MHC403 / + / Fhl1 z jawnym przerostem. Figura 3Fhl1 ekspresji w sercach sercowo-mysich myszy i ludzi. (A) Histologiczna ocena zwłóknienia i ekspresji Fhl1 w męskich sercach męskich WT (Fhl1hemi / a) i HCM (Fhl1hemi / a), ocenianych przez ekspresję lacZ u myszy niosących allel Fhl1lacZ (niebieskie zabarwienie z (3-galu z X-gal) . Skrawki zabarwiono również czerwienią Sirius, która zabarwia kolagen w obszarach zwłóknienia na czerwono. Mysz WT nie wykazywała ekspresji iFhl1 i nie miała włóknienia. Młode serce myszy MHC403 / + (u dołu po lewej) wykazywało ogniskowe zwłóknienie (czerwone) i ekspresję iFhl1 (niebieski) przed wystąpieniem hipertrofii. Dorosłe hipertroficzne mysie serce MHC403 / + (u góry po prawej) wykazywały znacznie zwiększoną ekspresję iFhl1 w miocytach (prawy dolny, powiększony widok obszaru pudełkowego) zestawione ze śródmiąższowym włóknieniem. Paski skali: 0,5 mm (lewy i prawy górny róg); 0,05 mm (na dole po prawej). (B) podwyższenie poziomu iFhl1 w kardiomiopatiach u myszy i u ludzi. Biblioteki myszy 5. RNA-Seq skonstruowano z RNA zebranego z co najmniej 3 serc myszy; ludzkie biblioteki 5. RNA-Seq skonstruowano z RNA LV wyekstrahowanego z poszczególnych serc osobników. N, normalny; DCM, poszerzona kardiomiopatia; LVH, przeciążenie ciśnieniowe Przerost LV; CHF, zastoinowa niewydolność serca. Ponieważ wcześniejsze badania wykazały zwiększoną ekspresję Fhl1 w LV myszy WT z hipertrofią przeciążenia ciśnieniowego (19) i ludzkich serc HCM (20), zbadaliśmy, czy zmiany transkrypcyjne Fhl1 wywołane u myszy HCM wystąpiły również w innych patologiach serca. Analizy 5. RNA-Seq próbek LV od pacjentów z HCM, kardiomiopatią rozstrzeniową, zwężeniem zastawki aortalnej i niewydolnością serca wykazały wyraźnie zwiększoną ekspresję transkryptów iFHL1, podobną do tej w myszach HCM (Figura 3B i Suplementowa Figura 10). Dyskusja Niniejszym podajemy solidną metodologię uzyskiwania profili ekspresji genów 5. RNA-Seq i podejść obliczeniowych do wykrywania i ilościowego określania wykorzystania miejsca startowego w całym genomie. Ponieważ profile zdefiniowane przez 5. RNA-Seq i DSAGE (16) były silnie skorelowane (Suplementalna Figura 4), wnioskujemy, że modyfikacje techniczne zastosowane do wzbogacenia analiz 5. końce RNA nie spowodowały znaczącej utraty danych transkryptomu. Stosując analizy 5. RNA-Seq w celu scharakteryzowania transkryptomu serca myszy WT i HCM, zidentyfikowaliśmy 92 geny, które uległy znaczącym zmianom w użyciu start-site w odpowiedzi na mutację genu sarcomere (Tabela dodatkowa 1, dodatkowe ryc. 6 i 11, i Dodatkowe oprogramowanie). Fhl1 wykazywał znaczącą różnorodność transkrypcyjną, w tym zwiększoną ekspresję i specyficzną dla miocytów indukcję iFhl1, nowego transkryptu, który wykorzystuje alternatywne miejsce startowe i zawiera 16 dodatkowych aminokwasów. Konieczne będą dalsze badania w celu ustalenia, czy zmienione poziomy białek lub różne aktywności przez izoformę iFhl1 wpływają na biologię miocytów w HCM oraz w celu zidentyfikowania mechanizmów regulacyjnych, które odpowiadają za te zmiany transkrypcyjne. Ponieważ analizy 5. RNA-Seq pacjentów z różnymi patologiami sercowymi również wykazały indukcję iFHL1, zrozumienie tych procesów powinno poprawić wgląd w reakcje transkrypcji na stres miocytów. Zwiększona ekspresja izoformy Fhl1 może wystąpić, ponieważ iFhl1 uczestniczy w patogennych szlakach wyzwalanych przez mutację genu sarcomere lub, alternatywnie, ponieważ iFhl1 ma zbawienną rolę w HCM
[przypisy: chirurgia klatki piersiowej, skoki spadochronowe łódź, ostre zapalenie migdałków ]
[hasła pokrewne: jogurt naturalny przepis, ninfomanka cda pl, chirurgia klatki piersiowej ]